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苹果手机查询已删除的短信可以通过以下几种方法。
借助iCloud备份恢复
1、在电脑或手机浏览器上登录iCloud官网。
2、输入Apple ID和密码，找到“设置”选项。
3、进入“恢复”选项，选择备份时间进行恢复，在此过程中，需要选择“短信恢复”，这种方式可以恢复已删除的短信，但仅限于备份过的数据，如果没有备份过数据，此方法可能不适用。
方法二：使用第三方软件恢复短信
市面上有许多第三方软件可以恢复已删除的短信，例如开心手机恢复大师等，这些软件的使用方法大同小异，可以根据软件说明进行操作，这些软件可能需要连接手机并扫描手机的数据来恢复已删除的短信，使用第三方软件可能存在风险，如数据泄露等，因此在使用前请确保软件的可靠性并谨慎操作。
方法三：通过iTunes备份恢复短信
如果之前有通过iTunes备份手机数据，也可以借助iTunes恢复已删除的短信，具体步骤如下：
1、将手机连接到电脑并打开iTunes。
2、进入iTunes备份与恢复界面，选择“从iTunes备份恢复”。
3、选择需要恢复的备份文件并点击“恢复”，在此过程中，可以选择只恢复短信数据，这种方式也需要使用到备份过的数据，如果没有备份过数据则无法恢复。
无论使用哪种方法，都需要确保数据的隐私和安全，在操作过程中请谨慎选择并遵循相关步骤，避免误操作导致数据丢失或泄露。